Լենա Նանուշյանն իրականացնում է`

• Հանրային առողջության ապահովման և հիվանդությունների կանխարգելմանն ուղղված աշխատանքների համակարգումը,
• Հայաստանի Հանրապետությունում առողջության համապարփակ ապահովագրության ներդրմանն ուղղված աշխատանքների համակարգումը,
• Որակի համակարգի ներդրմանը, մարդկային ներուժի զարգացմանն ուղղված աշխատանքների համակարգումը,
• Միջազգային հարաբերությունների ոլորտում նախարարության կողմից իրականացվող աշխատանքների համակարգումը,
• Առողջապահության բնագավառում լիցենզավորման ենթակա գործունեության տեսակների լիցենզավորման և գովազդի թույլտվությունների տրամադրման աշխատանքների համակարգումը,
• ՄԻԱՎ/ՁԻԱՀ-ի կանխարգելման և տուբերկուլոզի դեմ պայքարի Գլոբալ Հիմնադրամի ֆինանսավորմամբ իրականացվող ծրագրերի համակարգումը,
• Առողջապահության ոլորտում ռազմավարական պլանավորման և կատարողականի մոնիտորինգի աշխատանքների համակարգումը: